Celem programy Interreg Południowy Bałtyk jest zbudowanie innowacyjnego, zrównoważonego, atrakcyjnego i aktywnego Południowego Bałtyku poprzez działanie na rzecz „niebieskiej” i „zielonej” przyszłości.
Instytucją zarządzającą programu jest Ministerstwo Funduszy i Polityki Regionalnej RP.
Wspólny sekretariat mieści się w Gdańsku. Jego zadania wspierają regionalne punkty kontaktowe. W Polsce znajdują się one w urzędach marszałkowskich:
- województwa pomorskiego,
- województwa warmińsko-mazurskiego,
- województwa zachodniopomorskiego.