Inicjatywa JPI Oceans ma na celu osiągnięcie dobrego stanu środowiska europejskich mórz i oceanów, działając na rzecz polityk niebieskiej gospodarki (blue economy) i niebieskiego wzrostu (blue growth), poprzez wypracowanie systemowego podejścia w zakresie polityk i zarządzania wobec współczesnych wyzwań eksploatacji mórz i oceanów oraz wsparcie eksperymentalnych działań badawczych nad pojawiającą się kwestią zanieczyszczeń i skumulowanych skutków zaburzeń antropogenicznych w europejskich morzach i oceanach.