Fundusze strukturalne są instrumentem polityki regionalnej Unii Europejskiej. Głównym celem polityki regionalnej jest osiągnięcie spójności gospodarczej i społecznej Unii, zmniejszając różnice poziomu rozwoju poszczególnych regionów. Środki finansowe funduszy strukturalnych przeznaczane są na wspieranie restrukturyzacji i modernizacji tych regionów, które bez pomocy finansowej nie są w stanie dorównać do średniego poziomu ekonomicznego w UE. Fundusze strukturalne mają pomóc władzom centralnym i regionalnym słabiej rozwiniętych regionów w rozwiązaniu ich najważniejszych problemów gospodarczych i społecznych.
Fundusze Strukturalne wdrażane są w poszczególnych krajach UE w ramach tzw. krajowych programów operacyjnych.